A instância máxima da Santa Casa de Maringá é a Congregação dos Irmãos da Misericórdia de Maria Auxiliadora, uma Congregação de origem alemã, fundada em 1850 pelo Irmão Pedro Friedhofen,consolidada no Brasil há 54 anos em Maringá/PR. A ela se subordina o Conselho Fiscal, que é assessorado pela Direção Executiva.

Composta por voluntários e reportando-se ao Conselho Fiscal, a Diretoria dirige a Santa Casa no dia-a-dia, zelando por seus valores e cultura, traçando suas grandes diretrizes estratégicas, definindo a utilização de recursos e avaliando seus resultados operacionais. Suas orientações são colocadas em prática sob a gestão da Diretoria Executiva, constituída por profissionais contratados.

Em suas respectivas áreas de atuação, todos esses órgãos estão sintonizados com uma única agenda e animados pelo mesmo propósito: a excelência de nosso desempenho.

Eleita pela Irmandade a Diretoria é composta por 4 membros: o Diretor Presidente, o Vice-Presidente, o Diretor Secretário e o Diretor Tesoureiro. Cabe a ela administrar diretamente a Santa Casa, estabelecendo suas estratégias e fiscalizando a aplicação das mesmas.